История рассказывает о героических усилиях криптозоологического агентства «Монарх» по борьбе с гигантскими чудовищами. В этот раз против могучего Годзиллы выступают Мотра, Родан и заклятый враг — трёхголовый Кинг Гидора. Когда эти древние суперхищники, со временем превратившиеся в полузабытые мифы, восстают снова, чтобы сойтись в схватке, существование всего человечества находится под угрозой.